課程名稱 |
蛋白質化學及分子模擬 Protein Chemistry and Molecular Modeling |
開課學期 |
101-1 |
授課對象 |
生命科學院 生化科技學系 |
授課教師 |
楊健志 |
課號 |
BST5033 |
課程識別碼 |
B22 U0400 |
班次 |
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學分 |
2 |
全/半年 |
半年 |
必/選修 |
必修 |
上課時間 |
星期三3,4(10:20~12:10) |
上課地點 |
博雅203 |
備註 |
生物化學領域課程。與常怡雍、陳佩燁合開 總人數上限:20人 |
Ceiba 課程網頁 |
http://ceiba.ntu.edu.tw/1011ps |
課程簡介影片 |
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核心能力關聯 |
本課程尚未建立核心能力關連 |
課程大綱
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為確保您我的權利,請尊重智慧財產權及不得非法影印
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課程概述 |
蛋白質是生物體中負責生物功能運作最重要的生物分子。蛋白質化學研究領域起源於蛋白質的化學結構分析,特別是N-端定序法,當代質譜儀的進展更使蛋白化學結構分析進入全新領域。本課程提供研究蛋白質所需的基礎知識,研究工具,引導同學利用分子模擬探索蛋白結構與功能之關係,以及蛋白質化學領域最新的進展,培養學生在此領域提出問題並嘗試解決的能力。 |
課程目標 |
本課程將使學生熟悉蛋白質化學原理,蛋白質偵測與純化,蛋白質一級結構分析與演化,蛋白質二級結構預測,三級結構分子模擬與分析,蛋白化學修飾與胜肽合成,蛋白螢光標定,光譜原理,蛋白質交互作用及分子動力學等基礎知識。同時介紹正在快速進展的蛋白質相關研究主題, 包括膜蛋白,醣蛋白,金屬蛋白,大型蛋白複合體,本質無秩序結構蛋白 (intrinsically disordered proteins),泛素修飾蛋白等。 |
課程要求 |
生物化學 |
預期每週課後學習時數 |
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Office Hours |
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指定閱讀 |
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參考書目 |
Huber Rehm (2006) Protein biochemistry and proteomics, Academic Press
Brandon and Tooze , Introduction to protein structure, Garland Science
Purich, (2010) Enzyme kinetics, catalysis and control, Elsevier
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評量方式 (僅供參考) |
No. |
項目 |
百分比 |
說明 |
1. |
Essay |
45% |
隔週指定論文閱讀,由指定論文中至少繳交三次具啓發性及延伸論述的 essay, 內容切勿抄襲,論述完整性可由文字連貫與否看出,再次提醒,萬勿抄襲。ranking |
2. |
Project |
25% |
包含
1. 指定作業
2. 蛋白結構模擬 |
3. |
Class performance |
15% |
15% may be raised to 30%, if many "cross-talk" happen in the class
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4. |
Written exam |
15% |
Optional written exam, if the class performance is too cold to be used for ranking |
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週次 |
日期 |
單元主題 |
第1週 |
9/12 |
Introduction – From Sanger to Sanger Centre |
第2週 |
9/19 |
A brief guide to determination of protein structure |
第3週 |
9/26 |
Chemistry for biology and protein chemistry |
第4週 |
10/03 |
Learn protein structure by molecular model; (project 0.5, see 公佈欄) |
第5週 |
10/10 |
新加坡大學教授來訪,鼓勵參加10月 8日中午演講,詳見公佈欄 |
第6週 |
10/17 |
Evolution of proteins |
第7週 |
10/24 |
Molecular modeling (project 1, homology modeling of paralogous proteins); |
第8週 |
10/31 |
(Protein engineering) (to be arranged)
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第9週 |
11/07 |
Enzyme kinetics
Identification of protein-protein interaction (project 2, protein docking, prediction of protein-protein interaction);
Project 1, 2 presentation
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第10週 |
11/14 |
Post-translational modification 1
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第11週 |
11/21 |
Post-translational modification 2
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第12週 |
11/28 |
Post-translational modification 3 (project 3) |
第13週 |
12/05 |
Protein engineering and directed evolution
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第14週 |
12/12 |
Spectroscopy I, UV-Vis, CD Spectroscopy II, NMR, EPR
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第15週 |
12/19 |
Spectroscopy 3
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第16週 |
12/26 |
( to be arranged, Identification of protein-protein interaction; Project presentation)
Selected topic:
Transcription factors and machinery for epigenetics;
Intrinsically disordered proteins; Metalloproteins – Interfaces between organic and inorganic worlds;
Membrane protein
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第17週 |
1/02 |
Project presentation -- Future directions for protein chemistry |
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